Herstel

In 1809 kwam koning Lodewijk Napoleon naar Zwolle om de vestingwerken te inspecteren. Hij bepaalde darde toren als onderdeel van de verdedigingswerken aan de stad toekwam. Ook bezocht hij de vier schuilkerken en vond die in deplorabele toestand. Twee liet hij er per direct sluiten. De andere twee moesten volgen. De Kruiskerk werd aan de katholieken toegewezen. Met een veel te klein bedrag dat hij beschikbaar stelde voor herstel, werd de kerk provisorisch  in ere hersteld.

In 1811 werd de eerste viering gehouden sinds eeuwen.

In de jaren 1821-1822 kreeg de kerk een neo-classicistisch interieur. De kerk werd wit geschilderd en er kwam een groot wit altaar in het koor. De ramen in het koor waren dichtgemetseld.